Один из древнейших монастырей Москвы (если считать по нахождению на одном и том же месте, то самый древний).
Основан в 1315 году святителем Петром, митрополитом Киевским, Владимирским и всея Руси.
Основная часть современного архитектурного комплекса монастыря сооружена в XVII-XVIII веках.
Монастырь представляет из себя комплекс памятников архитектуры, построенных, в основном, на средства бояр Нарышкиных.
Первоначально монастырь был деревянным. В 1514 году итальянским архитектором Алевизом Новым был построен первый каменный храм Петра митрополита и деревянный храм в честь Покрова Пресвятой Богородицы, разобранный позже. В начале XVII века территорию монастыря обнесли каменной стеной.
В 1671 году площадь монастыря была увеличена вдвое за счёт усадьбы Нарышкиных, а с 1690 по 1694 годы были построены Боголюбский храм, на месте храма Покрова Пресвятой Богородицы; Сергиевская церковь с трапезной (построена как уменьшенная копия такого же храма в Троице-Сергиевой лавре) и соединённые с ней галереей-папертью Братский корпус с Нарышкинскими палатами; надвратная Покровская церковь с двухъярусной колокольней и настоятельские палаты, соединённые с ней переходом; а также служебный корпус. Территория храма включала также две деревянные богадельни.
В 1744-1750 годах между колокольней и Братским корпусом была выстроена церковь Толгской иконы Божией Матери. В 1753-1755 годах в юго-западном углу южного двора построили церковь во имя преподобного Пахомия Великого, позже переосвящённую в церковь Петра и Павла.
В 1808 году была разобрана галерея-паперть и надарочный переход, соединявший паперть Сергиевской церкви с галерей Братского корпуса. В 1890 году к Братскому корпусу пристроен Келейный корпус, сооружённый по проекту епархиального архитектора С.В. Крыгина.
В 1929 году был закрыт.
В 1952 году начата реставрация ансамбля монастыря (архитектор Б.П. Дедушенко). Была проведена расчистка местности, проведены раскопки и составлена хронотопографическая шкала развития территории до начала XVIII века.
Деятельность монастыря возобновлена с 2009 года. Реставрационные работы ведутся полным ходом и большая часть монастыря уже обновлена.
В настоящее время численность братии составляет 15 человек.